飛機
新加坡、馬來西亞、泰國、香港、中國、巴基斯坦、歐洲和北美各國都有飛往印尼的航班，印尼國內各大城市間也都有航班相通。目前香港國泰航空公司、中國南方航空公司和印度尼西亞鷹航空公司已有從北京、廣州到印尼雅加達和泗水的航線。
輪船
爪哇島和蘇門答臘島上公路交通較發達，從雅加達、萬隆、泗水等中心城市有通往周邊地區的短距離高速公路，各大城市間有長途汽車往來。
水運
印尼是個島國，各主要島嶼間大多依靠輪渡和客輪相通，輪渡還可搭載游客的汽車。如走陸路從爪哇島去蘇門答臘島，游客可先乘車至西爪哇北部西端的孔雀（Merak）港，然后搭乘輪渡穿過巽達海峽，到達蘇門答臘南部楠榜省的巴果亥尼(Bakauheni)。
出租車
印度尼西亞起步價6000盾。
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